Après des retrouvailles avec son père et une découverte surprenante concernant la mort de sa mère, Edward Elric rentre à Central City. Scar, lui aussi de retour, recommence ses actes meurtriers envers les alchimistes d'Etat. Les frères Elric, aidés de Lin, vont tenter de percer le mystère qui entoure les plus hautes instances gouvernementales : la tension est à son comble.