Lorsque Kubo, un jeune conteur, désobéit pour la première fois à sa mère, il n'imagine pas le chaos qu'il vient de créer… Des esprits longtemps éloignés font leur retour, et ils n'ont qu'un but : le capturer ! Pour réparer son erreur, le garçon va devoir vivre la plus grande aventure jamais racontée… la sienne !