Six mois se sont écoulés depuis la catastrophe, impliquant Kyogre et Groudon. Rouge et Bleu embarquent pour les îles de Sevii sur les traces du Professeur Chen. Ils vont être témoins d'une terrible tragédie dont est victime leur amie Verte. C'est le début d'une nouvelle grande aventure où nos héros vont devoir déjouer le sombre complot d'un vieil ennemi qu'ils pensaient disparu...