En quatre années passées à protéger la Terre de toutes sortes d'invasion extraterrestre, l'agent J, qui travaille secrètement au quartier général des Men in black, n'a toujours pas trouvé de partenaire avec qui faire équipe. A la suite d'un crime étrange impliquant des extraterrestres, l'agence découvre l'existence d'un redoutable complot menaçant notre planète.