Les X-Men sont de retour, et cette fois c'est la guerre ! Le mouvement anti-mutant, dirigé par l'ancien militaire William Stryker menace l'école du professeur Xavier. Les X-Men et Magneto devront s'unir dans une guerre sans merci pour leur survie. Parallèlement, Wolverine enquête sur son mystérieux passé, auquel Stryker ne semble pas étranger…