En 2015, alors que les humains ayant survécu au cataclysme du Second Impact se sont réfugiés dans la cité forteresse de Tokyo-3, de mystérieux Anges apparaissent, semant la terreur et la destruction. Pour les combattre, l'organisation Nerv possède la seule arme capable de les repousser : les Evangelion. Seulement, il manque encore l'essentiel pour activer ces gigantesques machines de guerre anthropoïdes : un pilote