Démasqué et capturé par les Forces de Défense, qui le considèrent comme une menace, Kafka se trouve face au directeur Isao Shinomiya, venu en personne procéder à son exécution. Luttant sans relâche pour prouver sa nature d'être humain, Kafka perd malheureusement la maîtrise de son pouvoir face à la puissance du Kaiju n°2. Parviendra-t-il à ramener le n° 8 sous contrôle avant qu'il soit trop tard ?!