Les frères Elric se retrouvent au coeur d'un complot aux implications dépassant l'imagination. Ils doivent faire face aux luttes d'influence qui gangrènent les plus hautes instances de l'armée et affronter le machiavélique Kimblee, alchimiste fanatique qui est prêt à tout pour arriver à ses fins. La jeune May veut récupérer les notes du frère de Scar permettant de lutter contre les homonculus.