Les frères Elric continuent leur combat contre le machiavélique Kimblee, alchimiste fanatique qui est prêt à tout pour arriver à ses fins. Pendant ce temps, à Central City, les homonculus complotent dans les sous-sols de la ville. C'est l'occasion d'en apprendre plus sur eux et sur les événements qui se sont déroulés lors de la chute de la légendaire cité Xerxes.