Quelque part en mer des Philippines, un immense complexe sous-marin appelé Cofdeece repose à 6000 mètres de profondeur. Fruit d'une collaboration tendue entre une entreprise japonaise et son partenaire chinois, cette infrastructure a été autrefois le théâtre d'un très grave accident qui a décimé tous ses occupants de l'époque. Trois ans après ce drame, Kengo Kadokura, un jeune ingénieur quelque peu apathique, est amené à descendre dans les abysses pour préparer la réouverture de la station.