1941. Les Einsatzgruppen, unités mobiles nazies, s'enfoncent dans le territoire soviétique. Partout où elles encerclent les villages, tous les hommes, femmes et enfants juifs sont rassemblés, dénudés puis abattus avant d'être enterrés dans des fosses communes. Juin 2002. Le père Patrick Desbois part pour l'Ukraine. Village après village, il va recueillir les témoignages de ceux qui ont vu. Fosse après fosse, il récolte les preuves et reconstitue les conditions de ces milliers d'assassinats d'une rare sauvagerie.