La nouvelle aventure d'Indiana Jones débute dans un désert du sud-ouest des Etats-Unis. Nous sommes en 1957, en pleine Guerre Froide. Indy et son copain Mac viennent tout juste d'échapper à une bande d'agents soviétiques à la recherche d'une mystérieuse relique surgie du fond des temps. De retour au Marshall College, le Professeur Jones apprend une très mauvaise nouvelle : ses récentes activités l'ont rendu suspect aux yeux du gouvernement américain.