Après les évènements tragiques survenus durant l'invasion des Primiens et la perte de vingt-trois planètes, le Commonwealth panse ses plaies et tente de bâtir une armada de nouveaux vaisseaux aux armes terrifiantes pour en finir une fois pour toutes avec Prime. Mais, dans l'ombre, des traîtres veulent empêcher l'humanité de triompher.