Petit, rondouillard, morfale et obsédé, Nikumaru est néanmoins expert du ninjutsu. Fort étrangement, Mako, son amie d'enfance et la plus belle fille de l'académie, est folle amoureuse de lui. Autour de ce duo de choc se déchaîne un ouragan de catastrophes et de péripéties hilarantes.