Vingt ans après son expédition autour du monde, Charles Darwin écrit Sur les origines des espèces. Il veut rassembler de nouvelles informations sur la vie animale, notamment sur des continents qu'il a à peine explorés. Qui d'autre que de jeunes naturalistes, avides de découvertes, pourraient aider le célèbre savant à terminer la rédaction de son œuvre la plus célèbre ? Dans Sur les traces de Darwin, les joueurs sont de jeunes naturalistes qui viennent d'arriver à bord du Beagle pour aider Charles Darwin à terminer son livre L'origine des espèces. Au cours de ce voyage, vous étudierez des animaux, effectuerez des relevés cartographiques, publierez vos découvertes et élaborerez des théories.